Напуснах работа, така че вече не работя с Microsoft продукти, а и тогава винаги съм работил с последните налични stable (доколкото може да се каже такова нещо за М$ продукт) версии, така че не мога да ти кажа конкретно при Microsoft как е, но съм сигурен, че нейде из настройките на Project-а има конфигурация за коя версия на framework-a e. Виждал съм я когато мъчих да напиша един особено корав Windows service.
В app.config (след като си решил да пишеш С# е хубаво да видиш какво е това, ако не знаеш) можеш конкретно да упоменеш с коя версия на Framework-a се очаква да работи.
П.С. Не мога да се сдържа да ти предложа алтернатива на С#. А именно
QT. Toolkit за писане на (графични) приложения с малко добавки, които го правят наистина атрактивен и удобен. Мултиплатформен е, тоест ако не ползваш силноспецифични за платформата (Win32/Linux/Mac OS/BSD) неща приложението ти ще върви навсякъде. С него се пишат много голяма част от линукс приложенията, гугъл го ползват за доста софтуер, skype и час от последния Photoshop също.
До голяма степен е по-удобно за писане на него, поне за мен де, а все пак съм Microsoft Certified Technology Specialist по .NET Framework 2.0, така че не е гол флейм.